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Statistische Methoden in der Bioinformatik SS2008

Folien der Vorlesung

Nr.Datumpdfpdf(4seitig)Kapitelstart
1.)07.04.2008[pdf][pdf4x]1. Statistische Methoden in der Bioinformatik: Einführung
2.)10.04.2008[pdf][pdf4x]2. Markovketten – Sequenzmodellierung
3.)14.04.2008 [pdf][pdf4x]3. Markov-Prozesse – Scorematrizen
4.)17.04.2008 [pdf][pdf4x]4. Evolutionäre DNA-Modelle
5.)21.04.2008 [pdf][pdf4x]5. Phylogenie
6.)24.04.2008 [pdf][pdf4x]6. Sequenzalignments
7.)28.04.2008 [pdf][pdf4x]
8.)05.05.2008 [pdf][pdf4x]7. Expressionsdaten: Bildanalyse
9.)08.05.2008 [pdf][pdf4x]8. Expressionsdaten: Normalisierung
10.)19.05.2008[pdf[pdf4x]9. Expressionsdaten: Affymetrix
11.)26.05.2008 [pdf][pdf4x]
12.)29.05.2008 [pdf][pdf4x]

10. Expressionsdaten: Klassifikation

11. Expressionsdaten: Clusteranalyse

13.)02.06.2008 [pdf][pdf4x]
14.)05.06.2008 [pdf][pdf4x]12. Expressionsdaten: Diskriminanzanalyse
15.)09.06.2008 [pdf][pdf4x]
16.)17.06.2008 [pdf][pdf4x]
17.)19.06.2008 [pdf][pdf4x]13. Differentielle Genexpression
18.)23.06.2008 [pdf][pdf4x]14. Gengruppentests
19.)26.06.2008 [pdf][pdf4x]
20.)30.06.2008 [pdf][pdf4x]15. Analyse von CGH-Daten – Tumorprogression
21.)03.07.2008 [pdf][pdf4x]
22.)07.07.2008 [pdf][pdf4x]
23.)10.07.2008 [pdf][pdf4x]
24.)14.07.2008 [pdf][pdf4x]16. Analyse von ArrayCGH-Daten
25.)17.07.2008 [pdf][pdf4x]17. Klassifikation von Proteinen

 

 

Übungsblätter 

1.   Übungsblatt [pdf]

2.   Übungsblatt [pdf]

3.   Übungsblatt [pdf]
4.   Übungsblatt [pdf]
5.   Übungsblatt [pdf]
6.   Übungsblatt [pdf]
7.   Übungsblatt [pdf]
8.   Übungsblatt [pdf]
9.   Übungsblatt [pdf]
10. Übungsblatt [pdf]
11. Übungsblatt [pdf]

 

Zusatzmaterialien 

blosum62[pdf]
alignment[pdf]
cDNA[pdf]
Microarray-Datensätze CLL1.dat-CLL4.dat und DLCL1.dat-DLCL4.dat[zip]
R-Workspace für Aufgabe 22b[RData]
R-Workspace für Aufgabe 23[RData]
R-Workspace für Übungsblatt 09[zip]
R-Workspace für Aufgabe 29[zip]

 

Literatur

Bioinformatics needs to adopt statistical thinking [pdf]
Dissertation von Tanja Boes zur Analyse von Affymetrix-Daten[pdf]
A benchmark for Affymetrix GeneChip expression measures[pdf]
Computational reproducibility in high-dimensional classification tasks[pdf]